24.03.2012 "Armeijan ajoneuvot saapuvat vyöhykkeeltä käsin Larvaan, jolloin Military ottaa alueen jälleen hallintaansa. Vyöhykkeelle pääsyn estyessä, artefaktit hupenevat nopeasti vyöhykkeen rajamailta ulkomaille. Artefaktit eivät olleet ainoa asia jota vyöhykkeen laitamilta katoaa, sillä myös muutamia henkilöitä on hävinnyt jälleen mystisesti. Monet välillä unohtavat, että vyöhykkeen portit ovat aivan Larvan takana. Suurin mitä Military pelkää, on vyöhykkeen laajeneminen. Tämä tarina onkin ollut jo pitkään lähes kaikkien huulilla."

Skenaario on suoraa jatkoa edelliselle S.T.A.L.K.E.R tapahtumalle. Peli on erittäin eläytymispainoitteinen, painottuen esikuvaansa. Kaikkien pelaajien olisi syytä tutustua kyseiseen maailmaan, elleivät he ole tätä jo tehneet.